Trem noturno para Lisboa narra a história de Raimund Gregorius, professor de línguas clássicas, que decide abandonar trinta anos de uma vida previsível e sair de Berna tomando o trem para Lisboa.

Antes ele encontra o livro do autor português Amadeu de Prado, Um ourives das palavras, e este livro conduz toda a narrativa de Pascal Mercier. O protagonista refaz os passos de Prado e descobre nele um médico e poeta admirável que lutou contra a ditadura de Salazar. No percurso, o leitor é conduzido a vários mundos, inquietações, dúvidas e transcendências.