Quando Prudente de Moraes se candidatou à presidência em 1894, ele venceu Floriano e começou uma administração que parecia impossível. Os florianistas deixaram o governo depauperado. Floriano não esteve presente à posse de Prudente. Ele assumiu no Senado e entrou no Palácio Itamaraty tão lépido quanto havia saído de Piracicaba. Pelo trabalho exaustivo de reconciliação de opostos, foi chamado “O Pacificador”. José do Patrocínio devotava-lhe uma extrema admiração. E foi, naquele momento, o único elo entre os extremistas. Reconciliou o Brasil com Portugal, pôs um fim à Revolução Federalista, deixando o país pronto para recomeçar, quando adoeceu. Ao se ausentar da presidência em licença médica, em novembro de 1896, seu vice, Manoel Vitorino, baiano, deu início à refrega que custou a vida de muitos: a Guerra de Canudos, quando Prudente sofreu um atentado, que vitimou o Ministro da Guerra, Marechal Bittencourt, no regresso das tropas da Bahia. Teve de mandar prender os conspiradores que tramaram matá-lo. O assassino do marechal foi encontrado morto na cela dois meses depois e nada mais se apurou. Mas os golpistas ainda estavam perto. Ao sobreviver, a popularidade de Prudente aumentou e, um ano depois, deixou o cargo, com a aclamação do povo. Retornou a Piracicaba, onde reassumiu a banca de advogado, até vir a falecer, em 3 de dezembro de 1902. Este foi o homem que enfrentou golpes de todo tipo, o primeiro presidente civil eleito por voto direto: Prudente José de Moraes Barros.