Em 1629, o Batávia, orgulho da Companhia Holandesa das Índias Orientais, encalha com 330 pessoas em um recife dos Abrolhos Houtman, a 80km do continente australiano. Antes de o navio afundar, há tempo para que todos se salvem, recolham mantimentos e acampem em pequenas ilhas.

Quatro dias depois, o capitão e os melhores marinheiros partem em botes salva-vidas para buscar ajuda. Os náufragos sentem-se ainda mais sós, mas encontram água e têm provisões. Nas semanas seguintes, o boticário Jeronimus Cornelisz, um dos passageiros, arregimenta cúmplices, toma o poder e impõe o terror: homens torturados, crianças massacradas, mulheres estupradas. Só um grupo opõe resistência, dominando outra ilha. Começa uma pequena guerra, muito sangrenta. O socorro só chega três meses depois, quando 2/3 dos náufragos já haviam sido assassinados. A Companhia Holandesa, que tinha poderes de Estado, julga e executa os culpados.

Graças a esse processo judicial, preservado até hoje, com depoimentos de setenta sobreviventes, conhecemos em detalhes o impressionante dia-a-dia dessas pessoas isoladas. Náufragos do Batávia, no fundo, é uma reflexão sobre a natureza humana, pois a tragédia é quase incompreensível: com os recursos que tinham, todos poderiam ter vivido em paz, sem passar grandes necessidades, enquanto aguardavam a ajuda. Como um psicopata conseguiu subjugar mais de 250 pessoas honestas? Os massacres que comandou não obedeciam a nenhuma necessidade de sobrevivência. O que leva os homens a fazerem o mal?