A saga de famílias judias e muçulmanas que escolheram o Brasil quando tiveram de deixar sua terra natal para libertarem-se de profundos sofrimentos que lhes foram impostos na Europa e em países do Oriente Médio, em decorrência de conflitos militares, ideológicos, políticos, sociais, plenos de discriminação, exclusão social, perseguição, maus-tratos e miséria. A difícil reconstrução de suas vidas em um país acolhedor, tolerante em relação à diversidade e que, apesar das diferenças de idioma e cultura, mostrava-se pleno de oportunidades para os emigrantes dispostos ao sacrifício e ao trabalho duro. O "Muçulmano e a Judia" traça um amplo painel dos conflitos raciais entre árabes e judeus desde a Segunda Guerra Mundial até os tempos atuais por meio de emocionante narrativa sobre a vida dos emigrantes no Rio Grande do Sul. Mostra, ainda, que, apesar da total inserção na sociedade brasileira, judeus e muçulmanos não perderam os vínculos religiosos e culturais com seus países de origem, e empenham-se em enviar seus lhos à respectiva terra natal para recuperarem a experiência de vida em suas nações. Nesse contexto, um casal de jovens brasileiros apaixona-se em Israel e coloca à mostra a permanência de barreiras impostas pela intolerância religiosa.