Em 1939, ano da ocupação da Polônia pelos nazistas, Alma Mendel, de oito anos, é enviada pelos pais para viver em segurança com os tios em São Francisco. Lá, ela conhece Ichimei Fukuda, filho do jardineiro japonês da família. Despercebido por todos ao redor, um caso de amor começa a florescer. Depois do ataque a Pearl Harbor, no entanto, os dois são cruelmente separados. Décadas depois, presentes e cartas misteriosos são descobertos trazendo à tona uma paixão secreta que perdurou por quase setenta anos. Varrendo através do tempo e abrangendo diferentes gerações e continentes, O amante japonês explora questões de identidade, abandono, redenção, e o impacto incognoscível do destino em nossas vidas.