Musashi será mais um dentre estes pequenos tiranos, derrotando impiedosamente quem encontra pela frente até que um monge armado apenas de sua malícia e de alguns preceitos filosóficos zen-budistas consegue capturá-lo e colocá-lo à prova. Musashi foge graças a uma jovem admiradora, para ser novamente capturado, e agora fica três anos confinado numa masmorra onde uma longa penitência toda feita de leituras e reflexões o fará ver um novo sentido para a vida, assim como novos usos para sua força e habilidade descomunais. Os caminhos rumo à plenitude do ser jamais são fáceis, e em seus anos de peregrinação em busca da perfeição tanto espiritual quanto guerreira enfrentará os mais diversos adversários.

É numa dessas situações que, totalmente acuado, usará pela primeira vez, em meio ao calor da luta e quase inconscientemente de início, a surpreendente técnica das duas espadas, o estilo Niten ichi, que o tornaria famoso pelo resto dos tempos. O leitor poderá assistir a seu amadurecimento, acompanhando o percurso que o levou a transformar-se de garoto selvagem e sanguinário no maior e mais sábio dos samurais, capaz de entender e amar tanto a esgrima quanto as artes. Paralelamente, a trama caminha para o esperado e inevitável duelo na ilha de Funashima com Sasaki Kojiro, o outro grande espadachim da época e rival de Musashi em habilidade, tenacidade e sabedoria guerreira. Esse incrível combate, que encerra a obra, se firmou por meio da literatura (em adaptações de todo tipo e por suas várias versões cinematográficas) no ideário coletivo da nação japonesa, e muita gente sabe comentar seus lances nos mínimos detalhes.

Musashi também traça um painel do Japão em sua encruzilhada na época da unificação nacional sob a linhagem dos Tokugawas, numa longa transição que o viu passar de constantes lutas armadas entre pequenos suseranos (daimyo) ao domínio de uma classe de "burocratas do papel e do pincel" (nas palavras do especialista Edwin Reischauer, que assina o prefácio), que fariam o país se desenvolver isoladamente do resto do mundo por dois séculos e meio. A obra também será marcada pelos acontecimentos em Edo, a futura Tóquio, então em frenético desenvolvimento, cujo palpitante submundo deixa antever a metrópole que mais tarde viria a ser, e que constituem a incursão urbana desta obra predominantemente bucólica e com forte presença de um feudalismo em sofrida modernização.