Certa manhã, Tino (um esquilo) e Calú (um sagui-imperador) são surpreendidos por algo nada agradável: uma montanha de cocô está bloqueando a saída da toca em que eles moram. Suspeitando ser uma estratégia de ataque de algum predador, os dois amigos saem pela Floresta Amazônica para investigar quem teria feito aquilo. Durante a expedição, Tino e Calú vão enfrentar muitos perigos e contarão com a ajuda de vários animais.

Em meio a tantas aventuras, eles irão conhecer melhor a riqueza e a biodiversidade da maior floresta do planeta.“Mistério na Floresta Amazônica” conta com um glossário ao final da história, explicando ao pequeno leitor a fauna e a flora que são citadas no livro.