Depois de sobreviverem às maquinações terríveis da Corporação Além, Miles Morales e seu clone, Shift, são lançados numa jornada multidimensional que vai transformá-los para sempre. A busca dos dois por seu tio Aaron vai leva-los direto a um Brooklyn alternativo onde seu terrível clone SELIM saiu vitorioso e tomou controle da cidade, forjando um Império impiedoso à sua imagem. Nessas novas circunstâncias, nada é como o que Miles conhecia, e para deter seu inimigo e chegar ao fim de sua busca ele vai precisar contar com aliados inesperados e fazer sacrifícios que talvez não esteja tão disposto a fazer...