Filho de Peixe é a história narrada por Nino, um menino que vive com sua família em uma pequena comunidade de pescadores na costa de Pernambuco. Tudo o que Nino quer é viver da mesma maneira que o seu tataravô, bisavô, avô, pai: indo para o mar no seu barco para pescar.

Mas, há algum tempo, a universidade instalou uma base de pesquisas na área dos corais. Eles estudam as consequências da ocupação humana da região e do aquecimento global sobre os corais. As notícias são perturbadoras: o recife pode estar morrendo. O medo se instala na vila.

Muitos moradores dizem que são boatos criados para expulsá-los dali. Eles sabem do interesse imobiliário, de grupos que querem construir condomínios à beira-mar, nas terras que são deles desde sempre. Outros se preocupam com a ideia de que o coral possa estar mesmo morrendo, pois sabem que os peixes dependem do coral, e eles dos peixes.

Nino acredita na primeira hipótese, como o pai: a universidade está ali apenas como pretexto para expulsá-los de sua vila e que a universidade é a inimiga deles. Então resolve sabotar os trabalhos da base de pesquisa. Ele se vê como um herói, salvando a vila e imagina o pai olhando para ele com orgulho.