Algo terrível aconteceu a Artemis Fowl II: ele virou bonzinho. As criaturas diagnosticam o Complexo de Atlântida, uma doença que causa comportamento obsessivo-compulsivo e múltiplas personalidades, causada por ter mexido tanto com magia. Agora, a cidade subaquática de Atlântida está sob o ataque de robôs malignos e o novo Artemis bonzinho não consegue lutar contra eles. A única esperança é que sua aliada, a capitã Holly Short, consiga trazer o verdadeiro Artemis de volta – antes que os misteriosos robôs destruam a cidade e todas as criaturas que vivem lá.